Il logo di Zafferano Padano ad una prima lettura appare come la stilizzazione del fiore del Crocus Sativus (Zafferano), il tratto giallo rappresenta l'antera, la parte maschile del fiore,  sopra di esso troviamo 6 filamenti, 3 di colore rosso che rappresentano lo stimma trifido, cioè l'unione dei tre pistilli, da cui si ricava la spezia e 3 di colore viola che rappresentano i petali, il tutto incorniciato da un'anello dorato. Ad un'analisi più approfondita notiamo che il tratto giallo rappresenta la sagoma della Pianura Padana rovesciata, quindi il luogo dove nasce lo Zafferano Padano, i 6 filamenti  disposti da destra a sinistra con una lunghezza crescente rappresentano l'alba; il sorgere del sole simboleggia il momento in cui si inizia a raccogliere il fiore del Crocus Sativus, in quanto il fiore deve essere colto ancora chiuso. L'oro usato per il bordo esterno, indica la preziosità della spezia chiamata '' oro rosso ''. Per concludere l'anello dorato che racchiude l’intero logo, è la rappresentazione del ciclo vegetativo-produttivo annuale dello Zafferano Padano, che si ripete uguale anno dopo anno.